Il terzo segreto di Fatima secondo la Chiesa cattolica è il messaggio segreto comunicato dalla Vergine Maria ai tre pastorelli ai quali sarebbe apparsa, a FATIMA, dal 13 maggio al 13 ottobre 1917. La trascrizione delle prime due parti del segreto si trova nella terza memoria di suor Lucia, del 31 agosto 1941. Nella successiva stesura – l’8 dicembre dello stesso anno – suor Lucia aggiunse qualche annotazione. La terza parte fu scritta su ordine del vescovo di Leira il 3 gennaio 1944 e consegnata in busta chiusa, sulla quale si legge: ‘Per ordine espresso di Nostra Signora questa busta può essere aperta nel 1960…’. Giovanni XXIII e i suoi successori non ritennero opportuna la rivelazione del contenuto. Il silenzio si interruppe nel Duemila quando la Chiesa cattolica lo rese pubblico per volontà di papa Wojtyla che aveva una speciale devozione nei confronti della Madonna di Fatima.

L’allora cardinale Ratzinger, che aveva mostrato di conoscere il segreto, insieme al papa e a suor Lucia, dichiarò nel 1996 a una radio portoghese che non c’era nulla di preoccupante nel segreto, e che rimaneva tale per evitare di confondere la profezia religiosa con il sensazionalismo. Nel Duemila, la pubblicazione del testo: “…E vedemmo (‘qualcosa di simile a come si vedono le persone in uno specchio quando vi passano davanti’), in una luce immensa che è Dio, un vescovo vestito di bianco (‘abbiamo avuto il presentimento che fosse il Santo Padre’), altri vescovi, sacerdoti, religiosi e religiose salire una montagna ripida, in cima alla quale c’era una grande Croce di tronchi grezzi, come se fosse di sughero con la corteccia; il Santo Padre, prima di arrivarvi, attraversò una grande città mezza in rovina e mezzo tremulo, con passo vacillante, afflitto di dolore e di pena, pregava per le anime dei cadaveri che incontrava nel suo cammino; giunto alla cima del monte, prostrato in ginocchio ai piedi della grande Croce, venne ucciso da un gruppo di soldati che gli spararono vari colpi di arma da fuoco e frecce…”.