Sulle sponde dello Stretto, i greci di Khalkis in Eubea, guidati da Pieriere e Cratemene, fondarono Zancle, così chiamata per la forma di falce dell’ansa portuale; una delle prime colonie greche in Italia; da cui poi sarebbe sorta Messina. La popolazione originaria di Zancle fu conquistata da altri popoli greci, provenienti dalla Messenia; il che spiega perché il nome mtò in Messene, e questo rimase fino a che la città venne occupata dai Mamertini, mercenari campani al soldo di Siracusa. Il Porto di Messina divenne il principale dell’isola e la città, sotto i Romani, una Civitas Foderata, ottenendo molti privilegi nel settore marittimo e commerciale.

L’attività economica, i floridi commerci e i privilegi goduti inasprirono i rapporti con le altre città siciliane e Palermo fece si che gli Spagnoli riducessero i benefici concessi alla città e al porto. Il Senato messinese, allora, cacciò lo Stratigò spagnolo, alleandosi nel 1674 coi Francesi. Ma il rientro degli Spagnoli coincise con l’abolizione di tutti i privilegi e del Porto Franco. Con i Borboni la città cercò di recuperare i traffici e gli scambi che l’avevano resa florida in passato. Il Porto Franco venne nuovamente istituito nel 1784, esteso a tutta la città e abolito definitivamente nel 1879. Dopo il sisma catastrofico del 1908 che portò notevoli danni e contrazioni alle attività portuali, nel XX secolo ebbe un significativo sviluppo l’attività cantieristica, con l’ubicazione, a Messina, di una basa navale della Marina Militare italiana e del relativo Arsenale.