SARS-CoV-2: dalle acque reflue maggiore precisione nell’individuare le varianti con largo anticipo

Il monitoraggio della presenza del virus SARS-CoV-2 nelle acque reflue è in grado di rilevare la trasmissione precoce della variante, ben prima delle analisi cliniche

MeteoWeb

Secondo uno studio pubblicato su Nature, la sorveglianza nelle acque reflue del materiale genomico SARS-CoV-2 può rilevare i cambiamenti nella prevalenza di varianti emergenti note, fino a due settimane prima del sequenziamento clinico, anticipando così di gran lunga i tempi. Lo studio descrive lo sviluppo e l’implementazione di un processo scalabile di campionamento delle acque reflue che rileva più varianti ad alta risoluzione.

Studi precedenti hanno dimostrato che la misurazione della concentrazione di RNA SARS-CoV-2 nelle acque reflue può monitorare con successo la dinamica dell’infezione regionale. Il monitoraggio delle sequenze genomiche del virus nelle acque reflue può migliorare le stime della prevalenza e rilevare le varianti emergenti a livello di comunità. Tuttavia, il potenziale di questo metodo di monitoraggio è stato limitato da dati di sequenza di bassa qualità e sfide nel separare diversi lignaggi da campioni misti. Questi problemi vengono superati con un migliore campionamento e sequenziamento dei virus delle acque reflue, insieme a uno strumento computazionale per dedurre più lignaggi, implementato da Rob Knight e colleghi.

Un esperimento di sorveglianza genomica delle acque reflue è stato allestito presso il campus dell’Università della California di San Diego (UCSD) da novembre 2020 a settembre 2021, un periodo che ha visto picchi nelle varianti Epsilon, Alpha e Delta. Sono stati raccolti campioni giornalieri da 131 campionatori di acque reflue che coprivano 360 edifici del campus e i dati sono stati confrontati con i dati genomici clinici (da tamponi nasali) nella comunità locale. I dati genomici delle acque reflue hanno rilevato le tre principali varianti emergenti di preoccupazione in quel momento prima e in modo più coerente rispetto ai campioni clinici e hanno identificato più istanze di diffusione del virus non catturate dalla sorveglianza genomica clinica. Un ulteriore campionamento delle acque reflue in tutta San Diego da settembre 2021 a febbraio 2022 ha rilevato la presenza della variante Omicron più di 10 giorni prima del primo rilevamento clinico in città.

I risultati ottenuti vanno ad aggiungersi alla prova che il campionamento del materiale genomico SARS-CoV-2 nelle acque reflue ha il potenziale per catturare la diffusione virale della comunità come alternativa più conveniente ai test clinici e con stime meno distorte e in largo anticipo.